En 1999, l'album "Innamoramento" est comme une sorte de retour aux sources, un album plus introverti que le précédent, dans lequel Mylène nous livre des textes lourds sur des musiques qu'elle compose pour un tiers.

La tournée qui suit, véritable show à l'américaine, et l'album sont récompensés par le public et par les professionnels lors des NRJ Music Awards
En novembre 2001 sort le premier « Best of » de Mylène Farmer, Les mots, regroupant l’ensemble des singles de sa carrière.

Après avoir reçu la Victoire de la Musique de « l’Artiste féminine de ces 20 dernières années », Mylène Farmer rompt en février 2005 son silence médiatique avec le single Fuck Them All, prélude à la sortie du nouvel album Avant que l’ombre…
En septembre 2006, Mylène Farmer enregistre Slipping Away (Crier la vie), duo avec le musicien-chanteur américain Moby, qui décroche un nouveau disque d’or et devient son 4e single no 1 en France.
Dès sa parution le 25 août 2008, l’album Point de Suture connaît un large succès en France, où il est certifié disque de Diamant (plus de 700 000 ventes)
Pour la première fois de sa carrière, Mylène Farmer a donné deux concerts au Stade de France les 1123 et 12 septembre 2009, devenant ainsi la première chanteuse française à se produire dans un tel lieu
L’album live N°5 On Tour, reprenant la setlist des concerts de province, est disponible depuis le 7 décembre 2009. Classé en tête des ventes dès sa sortie, il est certifié Double Disque de Platine. Le DVD du Stade de France est attendu pour le 12 avril 2010.
Le 2 décembre 2009, est paru sur les écrans Arthur et la vengeance de Maltazard, pour lequel la chanteuse prête à nouveau sa voix au personnage de Princesse Sélénia.

Mylène Farmer a à son actif sept albums studio, deux albums remixes, cinq albums enregistrés en concert, et un best of. 47 chansons ont fait office de singles.