Le 19 mai 1798, Napoléon Bonaparte s’embarque cette fois-ci pour l’Égypte. Il y restera jusqu’au 23 août 1799. Cette expédition achèvera de parfaire sa popularité. Les 9 et 10 novembre 1799 (18 et 19 brumaires de l’an VIII), les conjurés désignent un consulat provisoire à la tête duquel ils nomment le général Bonaparte assisté de Ducos et de Sieyès. Le 15 décembre 1799, Napoléon proclame la Constitution autoritaire de l’an VIII, pour ensuite devenir 1er Consul muni d’un pouvoir considérable.

Il dirige la France à partir de la fin de l’année 1799 ; il est d'abord Premier Consul du 10 novembre 1799 au 18 mai 1804 puis Empereur des Français, sous le nom de Napoléon Ier, du 18 mai 1804 au 11 avril 1814, puis du 20 mars au 22 juin 1815. Il réorganise et réforme durablement l'État et la société.

Il porte le territoire français à son extension maximale avec 134 départements en 1812, transformant Rome, Hambourg, Barcelone ou Amsterdam en chefs-lieux de départements français. Il est aussi président de la République italienne de 1802 à 1805, puis roi d’Italie du 17 mars 1805 au 11 avril 1814, mais encore médiateur de la Confédération suisse de 1803 à 1813 et protecteur de la Confédération du Rhin de 1806 à 1813. Il conquiert et gouverne la majeure partie de l’Europe continentale et place les membres de sa famille sur les trônes de plusieurs royaumes européens : Joseph sur celui de Naples puis d'Espagne, Jérôme sur celui de Westphalie, Louis sur celui de Hollande et son beau-frère Joachim Murat à Naples.

Il crée aussi un grand-duché de Varsovie, sans oser restaurer formellement l'indépendance polonaise, et soumet à son influence des puissances vaincues telles que la Prusse et l'Autriche.

Objet dès son vivant d'une légende dorée comme d'une légende noire, il a acquis une notoriété aujourd'hui universelle pour son génie militaire (victoires d'Arcole, Rivoli, Pyramides, Marengo, Austerlitz, Iéna, Friedland, Wagram, La Moskova) et politique, mais aussi pour son régime autoritaire, et pour ses incessantes campagnes (voulues ou non) coûteuses en vies humaines, soldées par de lourdes défaites finales en Espagne, en Russie et à Waterloo, et par sa mort en exil à Sainte-Hélène sous la garde des Anglais.
Exil à Sainte-Hélène et mort

Napoléon est déporté et emprisonné par les Britanniques sur l’île Sainte-Hélène, commandée d'abord par l'amiral Cockburn puis par Sir Hudson Lowe. L'Empereur est accompagné d'une petite troupe de fidèles, parmi lesquels le Grand Maréchal du palais Bertrand, le comte de Las Cases, le général Montholon, et le général Gourgaud. Il se consacre à l’écriture de ses mémoires qu'il dicte à Las Cases.

Napoléon demanda à être enterré sur les bords de la Seine, auprès du peuple français qu’il avait tant aimé, mais lorsqu’il mourut en 1821 il fut inhumé à Sainte-Hélène.

Dix-neuf ans après la mort de Napoléon, le roi Louis-Philippe Ier put obtenir du Royaume-Uni la restitution des cendres de Napoléon. L’exhumation du corps eut lieu le 15 octobre 1840. Son corps fut rapatrié triomphalement à Paris et enterré aux Invalides.