Après deux saisons mitigées en Italie, où il n'est pas toujours titulaire malgré ses 25 buts, il rejoint le Bayern Munich. Il n'y marque que 6 buts, à cause de blessures à répétition.

C'est également durant cette délicate période à Munich qu'il perd sa place en sélection. Papin avait dans un premier temps dit adieu aux Bleus dont il était le capitaine après l'élimination en qualifications pour la World Cup USA, en novembre 1993, avant de se laisser convaincre par Aimé Jacquet d'y revenir.
Il dispute son dernier match international contre les Pays-Bas en janvier 1995, avant que les blessures ne l'éloignent définitivement de la sélection.

Il rentre en France et signe à Bordeaux, où il effectue deux saisons de bonne qualité (22 buts), conduisant le club en finale de la Coupe de la Ligue.

Après un bref passage à Guingamp, alors en division 2, il met fin à sa carrière professionnelle en 1998. Il fait alors le bonheur de deux équipe amateurs : la JS Saint-Pierre (Réunion), mais surtout l'US Cap-Ferret, où il inscrit le nombre impressionnant de 140 buts en 3 saisons.

C'est en juillet 2004, à l'âge de 40 ans, qu'il raccroche définitivement les crampons.

Jean-Pierre Papin est d'abord entraîneur du FC Bassin d'Arcachon, club évoluant en DH. Sous son impulsion, le club accède en CFA 2 à l'issue de la saison 2004-2005.

Le 6 mai 2006, il prend en charge l'équipe première du Racing Club de Strasbourg pour la saison 2006-2007. Il commence ainsi sa carrière d'entraîneur au niveau professionnel en prenant en main une équipe rétrogradée en Ligue 2 avec pour objectif principal de faire remonter le club alsacien en Ligue 1.

Sous sa conduite, l'objectif principal du Club est rempli et le Racing Club de Strasbourg remonte en Ligue 1 au terme de la saison 2006/2007 (3ème). Il n'est cependant pas reconduit dans ses fonctions pour la saison 2007/2008 comme annoncé le jour précédent son remerciement.
Il aurait en effet cherché à négocier un poste d'entraîneur de l'équipe du RC Lens, se faisant devancer in extremis par Guy Roux. Il se dit aujourd'hui "victime d'une intrigue" selon l'un de ses proches conseillers.

Il a été consultant pour TF1 avant de rejoindre Canal+ et France Télévision, il est souvent avec Christophe Pacaud sur RTL dans RTL Foot.

Jean-Pierre Papin et son épouse Florence sont parents d'une fille, Emily, atteinte de graves lésions cérébrales. Le couple crée en 1996 l'association Neuf de cœur (9 était le numéro fétiche du joueur) pour informer les parents sur les méthodes de rééducation d'enfants souffrant de telles lésions.
Jean-Pierre Papin réside dans la ville d'Arcachon sur le Bassin d'Arcachon